Netzer Germany versteht sich als eine basisdemokratische Organisation. Sie wird von einem Vorstand, dem Mazkirutteam geführt.
Das Mazkirutteam besteht aus sieben Personen und setzt sich wie folgt zusammen:
Der*Die Mazkir*a leitet das Team und ist der*die Vereinsvositzende im Sinne des Vereinsrechtes. Er*Sie wird dabei durch den*die Co-Mazkir*a, die*den stellvertretende*n Vorsitzende*n unterstützt. Die Vorsitzenden vertreten Netzer Germany auch nach außen hin, beispielsweise bei der Veidah von Netzer Olami, bei der die Vorsitzenden aller Netzer-Standorte anwesend sind.
Die Zuständigkeiten der weiteren fünf Positionen im Mazkirutteam werden nach Themenbereichen aufgeteilt: So gibt es eine*n Rosh*a Chinuch für den Bereich Bildung, eine*n Rosh*a Dat für religiöse Belange, eine*n Rosh*a Pirsum für Public Relations sowie zwei Finanzbeauftragte.
Jede dieser sieben Personen hat das gleich zählende Stimmrecht bei Entscheidungen um die Angelegenheiten von Netzer Germany. Die vom Mazkirutteam getroffenen Entscheidungen betreffen also vor allem das Tagesgeschäft.
Grundlegende Entscheidungen über den Verein können jedoch nur von der Veidah, also der Mitgliederversammlung, getroffen werden. Diese findet jährlich statt und bildet das wichtigste Organ des Vereines. Dort werden das Mazkirutteam gewählt, Änderungen an der Satzung und andere ebenso wichtige Themen für Netzer Germany diskutiert und per Wahl beschlossen. Stimmberechtigt sind dort alle ordentlichen Vereinsmitglieder, also Madrichim*ot, die die Jugendleiter*innenausbildung abgeschlossen haben und zwischen 18 und 27 Jahren alt sind.